在一个未来世界，地球被X病毒感染的恶魔党带着强大的赤盾迅速占领了大部分领土。地球上的人们四处逃亡，只能在最后的保留地苟延残喘。南部博士（岸谷五朗 饰）在国际科学技术厅（ISO）发现了一块神秘的石头，这块石头可以赋予特定的人超强力量，成为对抗恶魔党的超级战士。 鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人被ISO选中，并经过了一系列惊人的特训，成为科学忍者队战士，他们的使命是阻止恶魔党的统治。在一次战斗中，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入了战斗，在与恶魔党头目伊利亚（中村狮童 饰）的对抗中，他们必须保护伊利亚并获取Last Suicide计划的详细信息。 随着与敌人的战斗，健和乔治的内心慢慢发生了转变，他们面临着深仇大恨的敌人，同时也开始思考和怀疑自己的使命和信念……