圣诞之夜，韦斯特邦国家工业集团和哈尔德曼达公司签署了一项重要的合作协议。然而，在签约仪式外面，群众的声音愈演愈烈，抗议声不绝于耳。突然，护卫的安全部队不顾示威者的和平抗议，对他们进行了无差别的镇压。这场血腥事件的背后，似乎隐藏着一种神秘的病毒，被称为"阳光种子"。草薙雅子（真名冈本），作为警察特殊行动小组的一员，与她的战友们一起救下了一位全身义体的少女艾玛津田。然而，少女身上似乎隐藏着使用虚拟记忆进行恐怖活动的秘密。警察厅的九课课长荒卷（姓塾）拒绝将她交给陆军情报部的上校穗积，相反，他命令雅子将艾玛护送到501机构接受调查。在和艾玛的相处中，雅子不仅发现了两个不同的灵魂存在于她的身体中，还触及到了一些被政府和军方隐藏的可怕真相……