在幻影忍者们团结一致、成功击退飞天海盗后，忍者世界恢复了以往的和平与繁荣。忍者们开始专心致志地进行日常训练，但大地忍者寇却感到心事重重。在之前的战斗中，寇被邪恶的杨大师转变为幽灵，他曾以为已经逐渐适应了这种幽灵状态，但他却突然意识到自己随时可能消失，仿佛从未存在过一样。就在这个关键时刻，他再次听到了杨大师的呼唤，察觉到杨大师正在策划一场阴谋，企图重新召唤被忍者们打败的强大魔头们，将他们带回忍者世界！面对多个曾经的死敌联合进攻，幻影忍者们将面临巨大的考验。而寇自己能否度过这次的困难，继续保持自己的存在，也成为了一个重要问题。他将经历一场艰辛的斗争，同时与自我存在的意义展开一场深入的探索。忍者们必须团结一致，以勇敢与智慧对抗前所未有的威胁，保卫他们珍爱的忍者世界。在这个冒险的过程中，他们会面临各种挑战和考验，而寇则必须面对自己的内心恐惧，寻找到重新连接现实世界的方法。故事将展现出幻影忍者们的勇敢与决心，以及对友谊和使命的坚定信念。