「ガリレオ 禁断の魔術」は、事件という点で「沈黙のパレード」と繋がっているストーリーです。４年前に起きた事件が描かれ、帝都大学の准教授である湯川の元を刑事の草薙俊平と彼の部下である牧村朋佳が訪れます。彼らは、殺害されたフリーライター・長岡修の部屋から、突然倉庫の壁に穴が開くという奇妙な動画ファイルを見つけたのです。湯川はこの動画に興味を持ち、「映像が撮影された場所を教えてもらえないか」と草薙に頼みます。湯川の様子が普段と違うことに気づきつつ、草薙は牧村とともに現場に向かうのです。