自己的阳台栏杆上出现了一个被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节让上条当麻感到不安。尽管他生活在一个以科学为导向的先进学院城市中，超能力通过科技已经是可以被创造出来的，但眼前这位自称为“茵蒂克丝”的少女仍然让上条当麻吃了一惊。茵蒂克丝声称自己因为拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻依靠自己的超能力也确信了少女身上存在着魔法。茵蒂克丝以自己的安全为借口离开了上条当麻的家，而上条则像往常一样前往学校学习。然而，当他放学回家时，却发现茵蒂克丝躺在一片血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻和茵蒂克丝的故事开始了。