位于东京西部的一个庞大城市，被称为“学园都市”。这个城市的总人口高达230万，其中大约80%是学生。在这个特殊的都市中，实施着一个超能力开发的特别课程，学生们的能力被分为六个级别，从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”。 我们的主人公上条当麻是学园都市的一名高中生，他被评价为“无能力”因为他有一个隐藏在右手中的力量——“幻想杀手Imagine Breaker”，这个力量可以消除任何异能能力，甚至连神的加护都不例外。因此，他的生活充满了不幸。 然而，上条的学生生活发生了巨大的变化，这是因为在暑假开始时，一个纯白的修女突然出现了。这个修女名叫“禁书目录茵蒂克丝”，她逃离了“魔法”世界。自从与她相遇以来，上条被卷入了各种各样的事件中。在解决学园都市科学方和茵蒂克丝魔法方的事件的过程中，他的人际关系也逐渐扩展。后来，十字教最大宗派罗马正教注意到了上条的存在...... 与此同时，学园都市的科学方也开始有动作。然而，也有一些人不断出现，他们与世界趋势开始对立，并且他们与上条有所关联，命运也发生了巨大的改变，他们成为了“英雄”。 他们挺身而出，与世界对峙，就像上条当麻曾经做过的那样。 当科学与魔法第三次交织的时候，故事将会有一个巨大的推进！