五百年前，一位试图统治整个宇宙的强大统治者被幻神族的娜伦用史特拉石碑阵封印阻止。这段历史的辉煌尘封在时间中。转眼来到现代，为了重新唤醒这位昔日的霸主，他的追随者佐拉博士派遣机动骑士与巨大宇宙怪兽一起攻击地球。幸而，同时苏醒的还有幻星族的神兽雷零守。原本平凡的高中生伊达翔太、真田由加，以及正在京南大学就读的平贺真也，被召唤成为幻星神战士，肩负起保护地球这一神圣使命，与邪恶势力展开战斗。