一心想成为幽灵猎人的天空寺尊，在其18岁生日当天，意外收到了十年前已故父亲寄来的幽灵眼魂。就在这时，一位来自异世界的怪人——眼魔突然出现，盯上了这件宝物，并为了争夺它，不惜举兵攻击，最终为了保护青梅竹马的朋友月村明里和御成而牺牲。得到仙人的帮助后，他获得了Ghost驱动器，实现变身，成为假面骑士Ghost，同时短暂地拥有了九十九天的复活生命。为了实现复活的愿望，他开始搜集“15位伟人”的眼魂，投身于一场关乎世界命运的激烈战斗之中。