1976年のある日、浅草に突然未知の無機生命体が出現し、地球への攻撃を開始した。その生命体はオーガピエンスと呼ばれ、彼らの指揮官であるオーガソルジャーとの激しい戦いが繰り広げられる。これに対抗できるのは、月面で発見された「ジーデヴァイス」の設計図をもとに作られた巨大ロボット、ジーマインだけだった。花川戸家の長女・あやめは、謎めいた青年・甲児の導きによってジーマインを起動し、オーガソルジャーに立ち向かうことになるが、その戦いの行方は…