在一个平行宇宙中，夏亚带领吉翁公国军执行了一场决定性的胜利，赢得了一年的战争。这一关键转折改变了地球联邦与吉翁公国的势力格局，带来了全新的局面。在空中宇宙殖民卫星上生活的女高中生天手让叶，偶然结识了难民少女尼娅安，并因此被牵扯进一场非法的MS决斗竞技“军团战”。她操控着一台神秘的全新型号MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”加入战斗，同时，一位被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。从此，少女与少年的命运 entwined，梦想交汇，宇宙世纪迎来了全新的未来……