为了应对日益狡猾的恐怖行动，日本警方启用了独立于特种急袭队（SET）和特别搜查部（SBU）之外的“新一代SET”——警察厅特种紧急搜捕组（NTES）。NTES以拘捕嫌疑人为主要任务，既要平息动乱，又要确保嫌疑人的安全。这一独特特点导致NTES与SET等兄弟部队之间产生了各种矛盾。然而，在多次行动中，刚毅的警察神谷一数（山口智子饰）和被调往的顶级狙击手苍井逢（宫崎骏饰）培养了特殊的友情。某天，东京发生一起公交劫持案，神谷和她的伙伴们立即行动，然而劫匪的行径异常奇怪。与此同时，一艘装载着能够造成日本毁灭的核燃料的货轮被劫持。前所未有的危机考验着NTES的成员们……