在过去的十四年里，第一机体在首次展现出神话般的初始形态后，被认为唤醒了前所未有的巨大能量波动，带来了剧烈的世界变革。此后，曾经的NERV核心成员葛城美里等人选择脱离组织，组建了一个名为Wille的抵抗阵线，决心对抗神秘的敌对组织seele及其背后的力量。Wille指派明日香和真里两位战士，进行一场旨在夺回被封存在轨道卫星上的最终机体的行动；而任务中明确禁止真嗣亲自登上那台机体，以防其受到未知的影响。 随着敌对势力不断逼近，善良且迷茫的真嗣被迫在危机中做出决定，他在绫波丽的陪伴下，登上突如其来的敌方入侵的九号机，返回到曾经充满创伤的NERV总部。在这片废墟之中，他偶然再次遇见了梦寐以求的绫波丽，并从父亲那里得知自己将与一位年轻的男孩渚薰产生密切关联。整个故事围绕着这场纷繁复杂的争夺与真嗣的成长展开，揭示了隐藏的秘密与不可预知的命运。