在那场激烈的战斗中，尽管正义的一方成功阻止了恶势力的入侵，但也造成了极大的破坏，地球上的居民因此对变形金刚产生了深深的不信任。由某秘密机构组建的特别行动队开始对所有变形金刚进行无差别的追捕，他们的行动让曾经的盟友逐渐消失在地球的阴影中。某天，一个生活在德州的失败机械天才意外购买了一辆旧卡车，没想到这辆卡车竟然隐藏着一位沉睡已久的领袖——擎天柱。随着行动队的追踪接近，擎天柱在醒来后救出了凯德一家，并开始逐渐与散落在各地的变形金刚取得联系。与此同时，一位疯狂的科学家从废墟中得知了变形金刚的秘密，并据此展开了新的阴谋。