在第二季的故事中，时间线设定在第一季结束后的八年。这一时期，由军情六处派遣的特工乔纳森·派恩（由汤姆·希德勒斯顿饰演）似乎已经彻底放下了过去的阴影。他改名为亚历克斯·古德温，在伦敦领导着一个秘密监视团队，过着平静而安稳的生活。然而，一次偶然的机会，他发现一名曾为理查德效命的雇佣兵，这一发现促使他重拾旧事，重新行动起来。在此过程中，他与一位哥伦比亚商人泰迪·多斯·桑托斯（由迭戈·卡尔瓦饰演）发生了激烈的冲突。