这是整个“希望之峰学园系列”的最终篇章。在未来篇中，世界陷入了由“超高校级的绝望”引发的史上最大、最恶劣的灾难事件，导致文明濒临崩溃。为了挽救这个充满绝望的世界，一支名为“未来机关”的组织成立了。在战胜了江之岛盾子的继任者苗木诚等第78期学生后，他们加入了未来机关，继续致力于世界的复兴。然而，苗木诚因庇护“绝望残党”，被指控为叛逆。未来机关的成员们为了苗木的未来展开了争论，却突然遭到黑白熊的囚禁，并被逼迫参加一场“最后的自我残杀”。他们的手臂被戴上奇异的手环，时间一到便会被注入催眠药。不仅如此，组织中还隐藏着“背叛者”，他们的目标是为了彻底终结未来。