第二季中，年轻医生们接过吉宗的衣钵，为消灭红斑疱疹而奋起的故事发展下去，然后剧情转向幕府的人们为了实现江户城的无血开城而奔走的幕末和大政奉还时期。在这一季中，这段剧情首次被拍摄成影像作品。