在一场未被察觉的危机中，一个未知的病毒称为漏洞体正在社会中传播。政府在圣都大学附属医院秘密成立了电脑急救中心（CR），以对抗这一病毒的传播，阻止人类灭亡的命运。进入数字游戏世界，与游戏病毒漏洞体作战！通过与游戏企业合作开发的玩家驱动器和卡带，实习医生们变身为假面骑士，保护患者免受漏洞体的侵害。年轻的实习医生宝生永梦肩负着成为假面骑士艾克赛德的使命，以守护患者的安全为己任。