在一场未察觉的危机中，一个名为漏洞体的神秘病毒悄然蔓延社会。政府在圣都大学附属医院秘密成立了一个电脑急救中心（CR），旨在阻止病毒的蔓延，拯救人类于灭亡的边缘。在数字游戏的世界里，与游戏企业合作研发的玩家驱动器与卡带成为了打败漏洞体的利器。年轻的实习医生宝生永梦肩负着沉重的使命，只有通过变身为假面骑士艾克赛德，他才能保护患者免受漏洞体的侵害，拯救整个社会免于毁灭的命运。