本作品改编自一部由花泽健吾创作的同名漫画，讲述了曾经盛极一时的日本忍者，在战后被美国占领当局解散后逐渐消失的故事。然而，这些忍者依然在全球各个机构中秘密潜伏，依靠隐秘行动继续存在，据说数量高达20万人之多。基层忍者们常常找不到合适的工作，其中之一是云隐九郎（由山崎贤人饰演），他隶属于忍者组织“NIN”的底层忍者（下忍），生活的状态几乎与啃老族无异。一天，空闲时间繁多的他接到一项重要任务——调查一个地下组织的动向，这个组织在战后70多年间一直潜藏其身影，名为“地下忍者”。在忍术、智慧和最先进的科技的帮助下，一场前所未有的战斗正式拉开序幕。